《棋魂》结局是光与佐为成天下棋,棋艺日夜增长,佐为也发现了自己在世上的时间已经不久了。他害怕,他还想下更多的棋,不愿承认小光棋艺高强。

在最后的时间里,他恳求着与小光下棋,却被小光认为佐为任性。一个清晨里,佐为恳求着与小光下棋。这盘棋,是最后的一盘棋,还未下完,佐为便已消失。佐为消失后,小光去了棋院,去了秀策的故居,只为寻找佐为的足迹,但是却找不到。

在那之后,小光有一段时间的消沉,不愿面对围棋。在朋友的帮助下,小光从围棋中感受到了佐为的存在,又有了对围棋的热情。在一个梦境里,小光见到了佐为,佐为似是想说些什么,最后却释然了,把跟随自己许久的折扇交给了小光。