1、生物性污染：包括微生物、寄生虫、昆虫及病毒的污染。食品的细菌污染细菌的污染包括细菌总数、大肠菌群、致病菌。
2、化学性污染：食品化学性污染涉及范围较广，主要包括来自生产、生活和环境中的污染物，如农药、兽药、多环芳烃化合物、亚硝基化合物、杂环胺、三氯丙醇污染等；滥用食品添加剂；在食品加工、贮存过程中产生的有害物质，如酒中有害醇、醛等；或是掺假、制假过程中加入的物质污染。
3、物理性污染：主要来源于复杂的多种非化学性的杂物，来自食品产、储、运、销的污染物，如粮食收割时混入的草籽、液体食品容器池中的杂物、食品运销过程中的灰尘及苍蝇等；食品的放射性污染，如放射性物质的开采、冶炼、生产、应用及意外事故造成的污染。
化学性污染来源复杂，种类繁多。主要有：
1、来自生产、生活和环境中的污染物，如农药、有害金属、多环芳烃化合物、N亚硝基化合物、二恶英等。
2、从生产加工、运输、储存和销售工具、容器、包装材料及涂料等溶入食品中的原料材质、单体及助剂等物质。
3、在食品加工储存中产生的物质，如酒类中有害的醇类医、学教育网整理、醛类等。
4、滥用食品添加剂等。
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