《使徒行者2》电影结局是开放式的，井进贤、程滔分别由古天乐和张家辉饰演，两人最后受重伤，但没有交代死没死，镜头最后留在了两人小时候爱玩的魔方上面。
故事主要是讲井进贤、程滔两兄弟失散多年，为了找警察内的黑警而走到一起。除了动作、犯罪，兄弟情也是非常重要的一个线索。古天乐饰演的井进贤是反派没错，但是至始自终他和正派吴镇宇以及张家辉之间的矛盾关系搭建得相当模糊，不能因为他是卧底，所以一边欲盖弥彰他的身份，一边不断弱化角色和角色之间的戏剧冲突。黄志忠饰演的大头目。童年伙伴的意外失散，30年后因一桩罪案，曾经的兄弟再度相见，却已身处不同阵营。故事围绕一个记录着恐怖分子资料的硬盘展开，警队的精英和恐怖分子安排在警队中的内奸争夺这一块磁盘，最终，警队精英还要伪装成为犯罪者与恐怖分子交易。井进贤、程滔虽然各自有不同的立场，但是为了自己的正义，还是选择正义的一方，一同对抗幕后头目。只是最后的结局让人惋惜。
