福崧即位於南京,改元弘光。这时江南总兵方国安推荐朱舜水,并奉了皇帝的诏命特别徵召他,他不就任。弘光元年正月,皇帝又下令徵召他,他仍不就任。四月,在荆国公方国安再次推荐下,朝廷任命他作江西提刑按察司副使兼兵部职方清吏司郎中,监方国安军,他还是不就任。在封建专制时代,违抗皇旨是有罪的。当时朝廷之中,交章弹劾他。

说他不遵朝廷之命,没有人君的礼节,声言要抓捕他。在这种情况下,朱舜水不得不星夜遁逃。恰好这时有左良玉的儿子左梦庚背叛朝廷,羽檄张皇,所以舜水才能免於逮捕。据朱舜水自己在《答源光国问先世缘由履历》一文中所讲,从四十五岁到五十八岁,通计徽召荐辟除拟,除亓院疏荐外,凡壹拾贰次,始终不受。”

朱舜水之所以屡次拒绝徵召,一方面是受其祖父和父亲不攀仕途家风的影响,另一方面则是对中国历史上正直的知识分子君于诚之为贵”优良传统的发扬。具体讲,就是继承了明末东林党和复社人士那种为了国家民族的命运。