1274年10月，元军军从高丽合浦出发，开始东征。由于孤军深入，将士们都疲惫不堪，后勤辎重难以得到有效的补充。元军副元帅刘复亨中箭坠马，统帅忻都做出了错误的判断。元军返回驻地当晚，台风来袭，元军的战船大多被毁坏。1281年5月，忽必烈命令元军第二次东征日本。日本在夜晚用小船偷袭元军船只。导致元军始终无法成功登陆，还不时遭到日军的骚扰。元军的船只大多被毁坏，粮食也基本上快吃光了。元军发现水上盘旋其像龙一样的水柱，海水散发出硫黄气。从来没有见过这等恐怖现象的元军军心涣散，根本没有进攻的胆量。8月1日夜，突然台风大作，元军的战船都被破坏，沉入海底，许多元军士兵被溺死，尸体堆积如丘陵。事后，残存的元军推举张百户任主帅，打算造船逃回国内，但被日军攻杀，大多战死，两万多人被日军俘虏。这一次东征比第一次失败得更惨烈。
元朝打日本为什么失败
元朝先后两次跨海击日寇，不过均失败而终，第三次只提议了，并没有付诸行动。元朝东征日本失败的原因主要有三：其一、征日之军多为南宋、高丽降军，军心未附，战斗心不足，而蒙古骑兵在海上作战并非其所长；其二、两次征日均遇到了台风，大军多数葬身于海，后劲不足；其三、日本以小中华自居、抵抗十分顽强，战斗力也强于南宋降军。
元朝曾经攻打过日本，为什么都失败了呢？
忽必烈南征北战从无敌手，可谓威霸之气盛于四海，今日本一海外小国竟然对他不理不睬，还把他当蛮夷酋长看待，故十分盛怒，决定以武力征服日本。
蒙古军对日本征讨的梦想以失败告终，主要原因是准备不充分，攻打日本应选择好天时，地利，人和缺一不可，主要是避开台风季节，战前对日本周边海面地利地貌进行仔细侦查，应该只有两次，都遇到了台风，船队损失惨重，加之日本当时并没有什么值得觊觎的，而元朝已经坐拥中华，开始贪图享乐，不愿拼命了。
突然恶略的天气救了日本两次，两次飓风击毁了元朝的战船，这也是日本所谓的～神风一词的由来，他们说是天照大神刮起这股神风救了日本！
日军战斗意志顽强，坚决抵抗，给元军也造成了不小损失，刘复亨受箭伤，元军撤至船上。当夜意外台风刮翻元军200多艘兵船，忻都连夜乘剩余船只撤退回国。依当时的日本年号称抵御元军第一次进攻的战事为“文永之役”，第二次为“弘安之役”，由于元日战争是元朝对外战争中少有的败仗，使得在各种文献中多有提及，元军虽屡胜，然兵疲箭尽，刘复亨受伤，不敢深，只得撤还。十一月二十七日，登舟欲归，其夜风涛大作，战舰触礁多坏损沉溺，军士不还者无虑一万三千余人。
但从高丽的记载和日本的记载来看，当时的忽必烈是要求日本投降，成为其体系之下的一个还保留建制的附属国。即称臣纳贡。
忽必烈就有对高丽使者李藏用说过“尔国于宋，风顺则可两三日至，日本则朝发夕至，此汝国与蛮子人之言也”。第二年，又说“以人言，耽罗海道往南宋、日本甚易”。
元朝出兵讨伐日本为什么会失败？
唐朝白江口之战以来，中日一共爆发过5次战争，日本赢二场，中国赢三场。然而，在中国失败的元日战争、甲午战争中，元日战争之败却让人难以理解。原因很简单，这两次战败，都非常巧合的遇到海上台风，大量船只被摧毁，一夜之间元军损兵无数，最终兵败日本。
正因如此，摧毁元军战船的台风，后来被日本人称之为“神风”，是神仙派出台风挽救日本。二战期间，日本用来对抗盟军的神风特工队，源头就在于元日战争。
按理说，宋朝国际贸易极为发达，造船技术也不差，虽然无法横穿太平洋，但活动在日本附近海域问题不大。那么，难道真有“神风”帮助日本？如果不是的话，元军兵败日本的真相，又会是什么？上世纪80年代，美国专家考古了海底元朝沉船，揭开了这一历史悬案。
元日战争爆发有两次，分别在1274年、1281年，最终都败给了台风。
1274年，元军（蒙汉军2万人、高丽军5600人、水手6700人）在日本博多湾登陆，进展还算顺利，但因副帅刘复亨中箭受伤，加上多数将领高估了日本数量，认为国内援兵未至，撤到海上会更安全，于是总司令忻都下令撤军海上。然而没想到的是，当晚一场海上台风，吹翻元军200多艘兵船，元军损失惨重，由此撤军回国。这一次，元军前后损失1.3万人，多数死于风暴。
1281年，南宋灭亡，忽必烈组织第二次征日（见下图），规模非常大，总兵力高达14万。这一次，元军兵力雄厚，多路进攻，但日军节节抵抗，元军进展不利，最终弘安之战或“第二次博多港之战”之后，元军被赶到了船上。令人不可思议的是，元军又遭遇一场台风，结果元军舰队大部分船只，又一次被吹翻。这一次元军损失严重，估计接近10万，由此不得不撤军回国。
两次遭遇相同问题，这不禁让人怀疑，忽必烈到底懂不懂军事，懂不懂跨海作战？
以上就是忽必烈征日的二次兵败，虽然日本战斗力被低估，但不可否认的是，两次失败主因都是台风，导致元军出现重大损失。那么，难道日本真有神风护体？上世纪80年代，美国专家考古了海底元朝沉船，揭开了这一段历史的真相。
1981年，在日本高岛附近海底，美国得克萨斯州农业机械大学的考古学家兰德尔·佐佐木，组织人手打捞出700多块蒙古战舰残骸，研究结果令人震惊。
佐佐木：很多蒙古战舰龙骨上的铆钉过于密集，甚至有时在同一个地方有五六个铆钉。这说明，这些肋材在造船时曾反复使用，而且很多龙骨本身质量就很低劣。
显然，这不仅是大量使用旧木料造船，而且龙骨本身质量低。
佐佐木研究之后还发现，战舰残骸的碎片没有一块超过3米，大多数碎片都在10厘米到1米之间。
因此，学者推断征日船只的建造，应该采取了类似新安古船的一种“鱼鳞式”船壳结构形式，说到底船壳板之间不是平接，而是搭接的。
关于这一点，有学者分析认为，元军使用的是在内河航行的平底船，而不是航海用的海船。
这种方式造船，速度会比较快，但负面效应很明显，就是一旦遭遇巨浪拍击，就非常容易碎裂。当然，在内河行驶时问题不大。
另外，打捞出的残骸显示：做工粗糙，拼接之处，显得非常粗糙随意，甚至有的地方是用胶水黏合。
管中窥豹，从这一考古发现不难看到，元军舰船质量的确不过关。史书上虽然没有详细记载造船过程，但相关记载却从侧面佐证了这一点。
第一次征讨日本之前，忽必烈给高丽发布命令，要求6个月内制造战船900艘：大舰可载千石或四千石者300艘，快速舰300艘，汲水小船300艘，规定正月十五日动工，限期完成。显然，忽必烈不懂海军，6个月造900艘，且是跨海作战的战船，这几乎是不可能完成的任务。（就比如海船制造，木料非常重要，甚至需要阴干几十年，因为木料中含有水分）
当然，史书记载君臣协力一切和谐，唯一不和谐的地方是第二次征日准备工作。1281年征日规模更大，需要舰船更多，所以除了高丽提供之外，重点还要南宋故地制造，福建安抚沿海都置制使蒲寿庚也有造船任务。
忽必烈下旨让他造船200艘，但实际上他只造了50艘。蒲寿庚上书含蓄的声称，造200艘超出了承受能力，不过这一点被忽必烈无视了。
如果结合这些史料记载，再联系美国学者的考古发现，那么就不难理解，为何出现“用旧木料造船”、“龙骨质量低”、“使用内河造船方式”等问题了，原因就在于要追求速度，满足忽必烈的数量要求，所以匆忙之间敷衍了事，而不是追求质量。
尽管如今无法确定这两场台风的具体强度，但从上述分析可以看到，造成元军征日失败的关键，不是日本人口中的神风，而是船只质量问题。由于船只质量不堪一击，所以才造就“神风”的神话，否则元军即便不能灭掉日本，也应该可以全身而退。
更为重要的是，从这两次征日行动来看，包括忽必烈在内的蒙古帝国高层，对海军真是一无所知，甚至有了一次惨痛经历之后，依然没有吸取教训，以为渡海作战，只要有船即可，却不知海船制造，远比内河船只复杂的多，所以下达一个不可能完成的任务，工匠无奈只能敷衍了事。
1286年，忽必烈想要再度征日，但因对越南作战造成国力匮乏，所以就此作罢。史书没有记载忽必烈有没有吸取教训，如果依然原先态度，估计第三次征日依然大败。
