1、一般是通过控制培养基中的碳源、碳氮比、维生素、微量元素等发酵基料和控制发酵过程中的供氧量、温度等；
2、如果是厌氧发酵，除发酵配方外，过程控制主要是密闭和温度；
3、如果是好氧发酵，除发酵配方外，过程控制主要是温度和通风量；
4、某些种类的发酵还需控制特殊物质的添加量，如谷氨酸发酵需要控制生物素亚适量，或添加适量青霉素，以保证细胞膜的通透性。
影响发酵的主要因素有哪些？如何对发酵过程进行控制
酸度
①一般需要在发酵前加酸或促进发酵产酸，否则有害微生物将大量繁殖
②含酸食品有一定的防腐能力，但有氧存在时表面也会有霉菌生长将酸消耗掉将失去防腐能力
③食品中酸度也会因蛋白质分解产生氨类物质而下降。
酒精
①具有防腐作用，主要取决于其浓度,按容积计12-15%发酵酒精能抑制微生物的生长。
②一般发酵饮料酒的酒精含量9-13%，缺少防腐能力，还需巴氏杀菌或添加防腐剂
③饮料酒中，如添加酒精使含量达到20%，就不需杀菌处理，有防腐抑菌作用。
菌种
发酵开始时预期菌种迅速繁殖可抑制其它杂菌生长。
温度
①发酵所需的温度依微生物的种类而异，温度起伏会影响发酵效果。
②不同的微生物发酵所得到的产品酸度和风味各有不同，多种微生物发酵的产物有更好的品质。
③混合发酵时调节发酵温度使不同类型的微生物的生长速度得以控制， 借以达到有目的的发酵效果。
氧气
①适当提供或切断氧气可以促进或抑制 (发酵)菌生长，同时可以导致生产向产生预期代谢产物方向发展；
②乳酸菌是兼性厌氧，只有缺氧才能将糖转化成乳酸酵母氧气充足时繁殖超过发酵，缺氧时酒精发酵霉菌是完全需氧；
③霉菌是完全需氧。
食盐
不同浓度的盐溶液对微生物有不同的影响，可用盐作为选择适宜的微生物进行生长活动的手段。
如何控制微生物发酵产酶的工艺条件
1、培养基的选择和控制,生产中碳源、氮源对微生物酶生产的诱导或抑制作用是最重要的考虑因素；培养基中碳源与氮源的比例是随生产的酶类、生产菌株的性质和培养阶段的不同而改变的；培养基中无机盐、生长因子和产酶促进剂也是要考虑和控制的.2、温度控制,酶生产的培养温度随菌种而不同；有的为了利于菌体生长和酶的合成,也有进行变温生产的.3、酶生产的合适pH通常和酶反应的最适pH接近；当然也有例外,pH也可能影响微生物分泌的酶系.4、通气搅拌随菌种和生产阶段而及时变化.
发酵的工艺流程是什么
1、发酵生产流程三个阶段：
上游、中游和下游。
（1）先进行高性能生产菌株的选育；
（2）然后在人工或计算机控制的生化反应器中进行大规模培养，生产目的代谢产物；
（3）最后收集目的产物并进行分离纯化，最终获得所需要的产品。
2、现代意义上的发酵工程是一个由多学科交叉、融合而形成的技术性和应用性较强的开放性的学科。发酵工程经历了“农产手工加工——近代发酵工程——现代发酵工程”三个发展阶段。
1、手工加工
发酵工程发源于家庭或作坊式的发酵制作（农产手工加工），后来借鉴于化学工程实现了工业化生产（近代发酵工程），最后返璞归真以微生物生命活动为中心研究、设计和指导工业发酵生产（现代发酵工程），跨入生物工程的行列。
2、近代发酵
原始的手工作坊式的发酵制作凭借祖先传下来的技巧和经验生产发酵产品，体力劳动繁重，生产规模受到限制，难以实现工业化的生产。
于是，发酵界的前人首先求教于化学和化学工程，向农业化学和化学工程学习，对发酵生产工艺进行了规范，用泵和管道等输送方式替代了肩挑手提的人力搬运，以机器生产代替了手工操作，把作坊式的发酵生产成功地推上了工业化生产的水平。发酵生产与化学和化学工程的结合促成了发酵生产的第一次飞跃。
3、现代发酵
通过发酵工业化生产的几十年实践，人们逐步认识到发酵工业过程是一个随着时间变化的（时变的）、非线性的、多变量输入和输出的动态的生物学过程，按照化学工程的模式来处理发酵工业生产（特别是大规模生产）的问题，往往难以收到预期的效果。
从化学工程的角度来看，发酵罐也就是生产原料发酵的反应器，发酵罐中培养的微生物细胞只是一种催化剂，按化学工程的正统思维，微生物当然难以发挥其生命特有的生产潜力。于是，追溯到作坊式的发酵生产技术的生物学内核（微生物），返璞归真而对发酵工程的属性有了新的认识。发酵工程的生物学属性的认定，使发酵工程的发展有了明确的方向，发酵工程进入了生物工程的范畴。
