1、骨骼遗传病。折耳猫的折耳是骨骼遗传病明显特，它的骨骼发育不健全，导致软骨另耳朵下垂，同时软骨也另起关节功能退化，后肢僵硬，不能弯曲，所以它才能像人一样的坐姿。脚骨关节发育异常，所以一般比正常猫咪短，脚掌肥厚，若仔细观察，当它坐直时，脚掌的枕肉是碰不到地面的，指甲生长异常，它的指甲会随生长往内反向生长。
2、体质较弱。由于它的骨骼遗传病会随一代代繁殖而遗传下去，所以每只折耳猫都有遗传病，所以在每只幼猫生下时，它们的先天基础就不如其他正常猫咪。它的体格会比一般猫咪较差，体型和体重只有正常猫咪的一半或三分之二，所以刚出生的猫咪因为身体虚弱极易感染猫瘟、皮肤病、过敏等病症。
3、呼吸道疾病。骨骼发病不仅会影响四肢骨骼外，对于其他软骨组织也有重大影响，最为常见的就是折耳猫呼吸不顺畅。呼吸道软骨发育不良，会挤压呼吸道，导致折耳猫呼吸困难，严重需要手术扩阔呼吸道，此外折耳猫可能因一些小感冒，打个喷嚏可能会大量流鼻血。
4、心脏病。由于骨骼病变，运动量较小，所以心肌肥大症也是常见于折耳猫身上，不过较与难发现，等到病变发现时，对折耳猫已有生命危险。
