《使徒行者3》的剧情是延续了第一部的，爆seed仍继续以卧底身份潜伏社团做事，之后他将与马国明饰演的反派韦作荣有一场终极对决。但是从预告来看，卓凯似乎有可能叛变，这到底是怎么回事呢？
第一部大结局的时候，卓凯枪杀警队里面的终极boss，最终被捕入狱。当时看到这个结局之后，不少观众都表示没有办法接受，希望卓凯能够活下来，现在《使徒行者3》离卓凯也有很多戏份。
在预告里，出狱后的卓凯与太太莫羡晴（江美仪饰演）开了一家咖啡店，不过阿晴却不幸患上了肝硬化。卓sir为了治好晴，游走黑白两道，从卓sir变成凯哥，还不时跟社团的人到处爆樽。在这样的情况下，他也遇到了解决不了的麻烦。
昔日的好友反目，那到底卓凯会不会真的变黑了呢？在我看来，这应该只是一个计划，卓凯应该是有隐情的。
除了卓凯之外，很多人也关心佘诗曼扮演的钉姐是否会出现呢？在第一款预告片里我们还能看到“钉姐”佘诗曼的“客串”，角色疑似被写死，但是据说佘诗曼会来客串，大家也可以期待一下。
爆seed在剧里有了新的感情线，那就是琳迪。这引发很多爆钉cp粉的不满，甚至有觉得故事发展存在很多不解的地方，会不会烂尾等问题。“钉姐”到底是怎么消失的，大家只能从剧里寻找答案了。
