《越狱5》大结局是Michael在也门越狱成功，T-bag找到了自己的儿子wipe，在计划途中T-bag的儿子被波塞冬的手下击杀，Michael设计将波塞冬扳倒并将他送进监狱。
最后决战的时刻终于来临。次日，迈克尔与雅各布在船坞见面。雅各布有恃无恐，仍拒绝交出麦克。当迈克尔掏出枪后，艾米丽出现，迫使迈克尔将手枪交给了雅各布。哪知维普意外出现，可马上就被艾米丽射伤并缴械。躲在暗处的茶包哥见儿子受伤，一时紧张冲了出来。远处传来警笛声，雅各布事先通知联调局，前来抓捕恐怖分子卡尼尔·乌提斯。维普闻言心情激动，上前抢夺艾米丽手中的枪。可他忘了艾米丽手上还有把刚缴获的手枪，两声枪响，维普痛苦地倒在地上。为了不再让其他人受到伤害，迈克尔答应交出硬盘。见雅各布押着迈克尔去取硬盘，联调局的应急小队已经冲进船坞，茶包哥不顾一切地用机械手扭断艾米丽的脖子，为儿子报仇血恨。雅各布押着迈克尔走向船坞深处，迈克尔的手机响起。莎拉和林肯已根据梵所说的地点，在学院的另一处救出了麦克，还抓住了梭罗。雅各布自知大事不妙，索性要杀迈克尔灭口。只要迈克尔死了，就死无对证，也不会有人知道硬盘的下落。突然，远处传来应急小组的声音，迈克尔趁雅各布分神之际，逃进一个小门。雅各布追进小门，向迈克尔连开两枪。开枪后才发现，小门后是仿林间小屋的背景。他枪杀哈伦的情景被再现。再现情景只是迈克尔计划的一部分。迈克尔进入办公室不仅取走了硬盘，还将瓶中哈伦的鲜血抹在了办公室里，再加上硬盘里的证据和梭罗的口供，中情局破获了内部的反叛组织，也还给了迈克尔真实身份和自由。迈克尔、莎拉，还有林肯、希巴享受自由的阳光时，雅各布也面带笑容地住进了福克斯河监狱。他自信不会呆太长时间，可睡在上铺的茶包哥站在他面前时，雅各布脸上的笑容凝固了。
