《大长今》结局是长今和闵政浩成为了夫妻,还生了一个女儿。皇上死后,世子继位不长时间就因病死了,结果皇后的亲生儿子继承皇位,皇后也就成为了太后。

长今将自己所研究学习的成果告知申益必和郑云白,希望得到支持可以帮中宗施行手术,但是所有的人并不支持长今这个大胆的做法,长今苦无他法,眼见中宗病情每况愈下。

中宗隐秘下令,让内侍府的人将长今送到闵政浩被流配的地方,希望两人远走他乡,避免被朝廷官员追杀,但是长今坚持不愿离去。此时,传来中宗驾崩的消息,各地已经张贴逮捕长今的布告……多年后长今和闵政浩结为连理,生下一女,但是还是过着颠沛流离的逃亡生活。

连生向皇后禀报得知长今的消息.。皇后立即恢复两人身份,请两人回到宫廷,希望长今能够留在宫里。长今与多年不见的友人相见,喜极流泪。不过,最后长今夫妇还是选择离开。