1、消毒机理上的区别。次氯酸钠的消毒机理本质与氯相同，都是水解成次氯酸发挥作用。故也将其与次氯酸钙、氯胺、液氯消毒合并成为含氯消毒剂。二氧化氯在水中以分子形态存在，并无次氯酸的生成，因此不能以有效氯来计量。在给水消毒条件下可以直接争夺微生物或其他有机及无机污染物的电子，生成次氯酸根。
2、杀菌效果上的区别。次氯酸钠杀菌效果受PH值的影响很大，在碱性环境下NaClO以次氯酸根的形态存在，杀菌效果大幅度下降。而电厂水处理水质一般均呈碱性，次氯酸钠杀菌效果较差已成为共识。 与次氯酸钠相比，二氧化氯在水中的扩散速度更快，在较低浓度下可以更快速地有效杀灭有机物。
3、性质上的区别。次氯酸钠液同水的亲和性很好，能与水任意比互溶，不存在液氯、二氧化氯等药剂的安全隐患，操作安全，使用方便，易于储存，对环境无毒害，不存在跑气泄漏，故可以在任意环境工作状况下投加。二氧化氯极其不稳定，不能像次氯酸钠那样可以运输，运输中很容易发生爆炸事故，所以只有依靠现场制备。
