pci-e接口的固态硬盘与主板通信使用的是PCI-Express总线，而SATA接口的固态硬盘与主板通信使用的是SATA串行总线，这两条总线是相互对立的。高端的PCI-E接口固态硬盘由于使用的PCI-E通道数多，甚至可以提供超过SATA3.0接口固态硬盘的速度。
PCI-E接口的固态硬盘和SATA接口的固态硬盘区别主要在于接口不同，通信的总线也不同。对于笔记本电脑而言，PCI-E接口的固态硬盘主要用于多硬盘系统的配置，使用不同于标准SATA的PCI-E插槽；而SATA接口的固态硬盘一般用于替代笔记本内部原配的机械硬盘，以提高磁盘性能。
pci-e是当前主流的总线和接口标准，它原来的名称为“3GIO”，是由Intel提出的，很明显Intel的意思是他代表着下一代I/O接口标准。交由PCI-SIG（PCI特殊兴趣组织）认证发布后才改名为“PCI-Express”.这个新标准将全面取代现行的PCI和AGP，最终实现总线标准的统一，也就是说以后的主板接口没有所谓的显卡专用接口AGP了，所有接口都是PCI-E接口，不管是网卡还是显卡。
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