1、外形不同
花椒：果紫红色，单个分果瓣径4-5毫米，散生微凸起的油点，顶端有甚短的芒尖或无；种子长3.5-4.5毫米。花期4-5月，果期8-9月或10月。
辣椒：果实长指状，顶端渐尖且常弯曲，未成熟时绿色，成熟后成红色、橙色或紫红色，味辣。
2、生长习性不同
花椒：适宜温暖湿润及土层深厚肥沃壤土、沙壤土，萌蘖性强，耐寒，耐旱，喜阳光，抗病能力强，隐芽寿命长，故耐强修剪。不耐涝，短期积水可致死亡。
辣椒：辣椒生育初为发芽期，催芽播种后一般5-8天左右出土，15天左右出现第一片真叶，到花蕾显露为幼苗期。第一花穗到门椒坐主为开花期。坐果后到拔秧为结果期。辣椒适宜的温度在15-34度之间。种子发芽适宜温度25-30度，发芽需要5-7天，低于15度或高于35度时种子不发芽。
苗期要求温度较高，白天25-30度，夜晚15-18度最好，幼苗不耐低温，要注意防寒。辣椒如果在35度时会造成落花落果。辣椒对条件水分要求严格，它既不耐旱也不耐涝。喜欢比较干爽的空气条件。
3、作用不同
花椒：花椒果皮是香精和香料的原料，种子是优良的木本油料，油饼可用作肥料或饲料，叶可代果做调料、食用或制作椒茶；同时花椒也是干旱半干旱山区重要的水土保持树种。
辣椒：每百克辣椒维生素C含量高达198毫克，居蔬菜之首位。维生素B、胡萝卜素以及钙、铁等矿物质含量亦较丰富。
医药专家认为，辣椒能缓解胸腹冷痛，制止痢疾，杀抑胃腹内寄生虫，控制心脏病及冠状动脉硬化；还能刺激口腔黏膜，引起胃的蠕动，促进唾液分泌，增强食欲，促进消化。
