《凰图腾》的结局是风萤因吃醉凝脂最后眼瞎了,彩蝶和段飞鸿离开了,风燕和皇上在一起了,最终当上了皇后,太后为皇上挡刀牺牲了。

皇上夜里再次在当初遇到风燕假扮嫦娥的小树林里行走,看到了一只玉兔,然而却已经物是人非了。风燕穿着嫦娥的衣服却突然出现,皇上看到很吃惊。风燕表示皇上放了自己走,却让自己明白心意有些不舍。

风燕回到宫殿里看着眼睛看不见的风萤,心疼了起来。 杜况找到了古籍发现了用羊玉脂洗涤可以降低醉凝脂的药效,风燕看到东西后知道了原来这一切都是彩蝶为了自己所做。

风燕给皇上表演舞蹈,而尚服云芝突然抽出了利剑想要害死皇上,太后急忙挡下中了剑倒在了皇上的怀里。皇上看到为了自己所做一切的太后也不禁哭了起来。太后逝去,风燕怀有了身孕诞下了太子。皇上因为给太后守孝三年才册封了风燕为皇后。