《寒战2》剧情讲述了经过寒战行动后,刘杰辉虽然升任警务处处长,但昔日的凶徒不仅逍遥法外,甚至要将行动进一步的升级绑架他的妻儿。

刘杰辉荣升警队一哥后,他的妻儿却遭遇了歹徒绑架,对方要求警队以李家俊为交换。虽然费尽心机,但最终被对方得逞,李家俊逃跑,而刘杰辉也由于违反警队规定擅自行动,遭遇香港司法机关质询。刘杰辉一心要揪出绑架案的幕后黑手,而引咎辞职的前警务处行动副处长李文彬,受到已退休的前警务处长蔡元祺的蛊惑,在质询过程中临阵倒戈,引发了刘杰辉被弹劾的危机。

同时,立法会议员简奥伟,对李文彬的倒戈也充满疑虑,派出自己的爱徒欧咏恩调查李文彬的行踪,从而发现了李文彬与逃跑的李家俊以及蔡元祺有接触。欧咏恩后来在跟踪过程中被蔡元祺一伙发现,最终死于车祸。欧咏恩的死激怒了简奥伟,使他也加入到了对李文彬的调查之中。简奥伟通过欧咏恩留下的云端文件,获得了李文彬跟李家俊、蔡元祺密会的照片。而刘杰辉也通过反间谍的方式,发现了警队中李文彬的眼线,并顺藤摸瓜找到了蔡元祺藏匿之前失踪冲锋车的地点,同时通过调查发现了蔡元祺控制香港警队信息系统的证据,并最终一举破坏了蔡元祺的阴谋。而更深层次原因——律政司司长黎永廉想要竞选香港特首,进而控制香港政府的政治阴谋,依然藏在水下未被揭开。