《梅花档案》剧情讲述的是建国初期一个国民党特务组织秘藏在重庆，公安战士潜入该组织进行卧底，经过斗智斗勇的较量后，终于一举破获了该特务组织的故事。
建国之初，古老的中华大地一派喜气，然而欢愉的背后仍有冰冷的暗流涌动。在四川省渝州，曾经称霸一时的土匪头子白敬斋被人民政府正法，而他曾居住过的老宅闹鬼的传闻则越传越凶。龙飞十一名来自北京的青年，他在渝州当地档案馆做文员，而档案馆的宿舍正是征用自白敬斋的老宅。由于所有人都怕鬼，因此龙飞只得一个人住进宿舍，却接连遭遇多起奇怪灵异的事件。不久，档案馆发生一起命案，刑警队长肖克由此入驻档案馆调查。在这一过程中，肖克和龙飞不仅感知到自己身上的异样，更偶然知晓了一个名为梅花党的特务组织的秘密……
该剧刻意的营造反而使人对某些情节感到莫名其妙。尤其是开篇部分，刻意去制造诡异的效果，不把观众吓坏不罢休。这样的场景一次两次可以，多了只能让人感到幼稚。过多的悬疑导致剧情的拖沓，让情节发展得缓慢，让人看得心急。
