1、要鉴别雌雄芙蓉鸟首先要会捉住芙蓉鸟。捉芙蓉鸟时，手要轻，动作要快，用右手伸人笼内，手掌将芙蓉鸟背部迅速抓住，用拇指和食指夹住其颈部，将鸟捉出笼外。此时鸟在右手手掌中，其颈夹在两指间，鸟背在掌心，两脚向上。
2、芙蓉鸟鸟龄越小的雌雄辨别越难。3—4月龄雏鸟基本辨别雌雄，但即使是老饲养者，辨别时亦往往发生错误，因此龄其生殖器并未完全发育。具体的辨别方法是：将芙蓉鸟捉住在右手手掌中后，再用左手食指压住尾羽，用口吹开腹部羽毛，在其腹部下端可见一排泄腔口肛门)，吹气后腔口会一张一合，若腔口向上隆起则为雄鸟，若腔口平坦则为雌鸟。发育完全的雌雄芙蓉鸟5—6月龄)极易辨别。再者，一般雄鸟从排泄腔口肛门)到胸廓下缘即整个腹部)距离较短，雌鸟则较长，在发情期更为明显。
3、由于各鸟的种类、鸟龄大小不同，生长喂饲条件也不同，雌雄鸟的辨别特征也不一致。如果要100%准确判断芙蓉鸟的雌雄最好购买10月龄以上的鸟，叫声持续10秒钟以上，声音高亢明亮，清脆婉转的为公鸟，10月龄以上的鸟还没有这种叫声的基本可以断定为母鸟。
