菌种分离主要在培养皿上进行，常用的方法是稀释法和划线法。
使用这两种方法的目的是是微生物的一个个体通过繁殖，在固体培养基上长出肉眼能见的群体，然后根据培养特征，用接种针调取所需菌种并在显微镜下检查，证明为单一形状的菌体。常用的培养基是选择培养基。如分离分解纤维素的微生物用的培养基是以纤维素为碳源的培养基，因为从这种培养基上长出来的只能是分解纤维素的微生物。改变培养基条件也有助于菌种分离。
如何用野生菌核组织分离纯菌种？
从自然界采挖到野生菌核后，先以自来水将菌核外皮洗刷干净，再浸入75%乙醇中泡3分钟。然后沾02%金霉素水溶液，以无菌刀将菌核剖开，取其内部组织约3毫米见方的块，置PDA或麦麸汁综合培养基上，在25℃恒温培养，一周组织块即生出浅白色菌丝体，再继续培养两天，就可挑取其菌丝体先端移植在新的试管斜面上，25℃继续培养即得雷丸纯菌种。每一个菌核可分得一菌株。菌核在萌发菌丝快慢方面因其成熟度、干鲜度不同而不同。鲜嫩菌核不如老熟菌核坚硬，但易于剖开分离，萌发菌丝也快。较硬的老菌核，只要采挖出时间不超过1个月，未经过高温可用清水泡1～2天或用干净湿沙埋藏4～5天再分离，能便于剖开操作，虽菌丝萌发稍慢，但都能分离到母种。
如何从自然界中分离出一种优质酵母菌？
流程
41 优良糖化酶菌株的分离与筛选
融化培养基→倒平板→打散孢子团粒→梯度稀释→涂布平板→培养观察→滴加碘液→挑菌落→接种→培养→糖化酶活力测定→菌种保存
42 酸乳制品中的乳酸菌的分离
制培养基→倒平板→梯度稀释→涂布平板→培养观察→挑菌落→接牛乳管→培养观察→传代培养→挑选凝乳管→乳酸测定→菌种保存
5 步骤
51 优良糖化酶菌株的分离与筛选
（1）融化淀粉察氏培养基，稍冷后倒平板与斜面数个。
（2）取种曲少许，加入10mL带玻璃球的无菌生理盐水的三角瓶中，用力振荡打散孢子团粒，使之形成均匀的孢子悬浮粒。然后将其用无菌纱布过滤于无菌试管中。
（3）将上述滤液以10倍稀释法知释至10-7，取后3个稀释度的稀释液各02mL，于淀粉察氏培养基平板上用无菌涂布器分别依次涂布2至3个皿，30℃培养1~2d。
（5）性能测定：测定各菌落的糖化酶活力。
52 酸乳制品中的乳酸菌的分离
（1）制备BCG牛乳营养琼脂培养基。
①称取脱脂奶粉10g，溶于50mL水中，加入16%溴甲酚绿酒精溶液007mL，0075MPa压力下灭菌20min。
②另取琼脂2g，溶于50mL水中，加酵母膏1g，溶解后调pH值至68，01MPa压力下灭菌20min。
③趁热将上述两液以无菌操作混合均匀，倒平板6个，待凝固后，置37℃培养24h，若无杂菌生长，即可使用。
（2）将样品以10倍稀释法稀释至10-7，取其中10-7、10-6 2个稀释度的稀释液各01~02mL，分别置于上述各营养平板上，用无菌涂布器依次涂布2至3个皿，置43℃培养48h，如出现圆形稍扁平的菌落及其周围培养基亦为者初步定为乳酸菌。
（3）将典型菌落转至脱脂乳发酵管，43℃培养8~24h，若牛乳管凝固，无气泡，呈酸性，镜检细胞杆状或链球状，革兰氏染色呈阳性，则将其连续传代若干次，43℃培养，挑选出在3~4h能凝固的乳管，保存备用。
（4）乳酸菌的鉴定及生物量的测定。
采用组织分离法培育菌种要经过哪些步骤？
1 食用菌母种的分离，可分为孢子分离法、组织分离法以及基内菌丝分离等
2 孢子分离法，是用食用菌的有性孢子或无性孢子萌发成菌丝，培养成菌种的方法。这种菌种生活力较强，但孢子个体之间有差异，且自然分化现象较严重，变异大，需经出菇试验才能在生产上应用。
（l）单孢分离法：是每次或每支试管只取一个担孢子， 让它萌发成菌丝体来获得纯菌种的方法。蘑菇和草菇用单孢分离得到的菌丝，有结实能力，可采用此法分离生产纯菌种。单孢分离生产上较少采用，而且技术复杂，一般采用多孢分离法。
孢子分离法，是用食用菌的有性孢子或无性孢子萌发成菌丝，培养成菌种的方法。这种菌种生活力较强，但孢子个体之间有差异，且自然分化现象较严重，变异大，需经出菇试验才能在生产上应用。
（l）单孢分离法：是每次或每支试管只取一个担孢子， 让它萌发成菌丝体来获得纯菌种的方法。蘑菇和草菇用单孢分离得到的菌丝，有结实能力，可采用此法分离生产纯菌种。单孢分离生产上较少采用，而且技术复杂，一般采用多孢分离法。
（2）多孢分离法：就是把许多孢子接种在同一培养基上，让它们萌发、自由交配来获得食用菌纯菌种的一种方法。具体操作方法，有以下几种：
①种菇孢子弹射法：选择个体健壮、朵形圆正，无病虫害、出菇均匀、高产稳产，适应性强的八九分成熟的种菇，切去大部分，菌柄用无菌水冲洗数遍后再用已灭菌的纱布或脱脂棉、滤纸吸干表面水分。在接种箱或无菌室内，把种菇的菌褶朝下用铁丝倒挂在玻璃漏斗下面，漏斗倒盖在培养皿上面；上端小孔用棉花塞住。培养皿放在一个铺有纱布的搪瓷盘上，静置12～20小时，菌褶上的孢子就会散落在培养皿内。形成一层粉末状孢子印（平菇极淡紫色，蘑菇、草菇 为褐色，香菇、金针菇孢子印白色）。用接种针沾取少量孢子在试管中的琼脂外面或培养皿上划线接种。待孢子萌发，生成菌落时，选孢子萌发早、长势好的菌落进行试管培养。
还可用孢子采集器收集孢子。方法是选好种菇后，按上述程序，轻轻掀开玻璃钟罩，将种菇柄朝下插在孢子采收器的钢丝架上，放在培养皿正中央。随即盖好玻璃罩，用纱布将钟掌周围塞好。并在纱布上倒少许升汞或无菌水。移入 20℃左右恒温箱培养。
蘑菇、香菇、平菇（包括姬菇、秀珍菇、杏鲍菇、白灵菇等）、金针菇、猴头菇、竹荪等栽培食用菌，以及松乳菇、松茸等纯化中的食用菌，均可采用组织分离法获得菌种。现以香菇为例说明组织分离法的主要步骤。
（1）选择种菇
按上述标准挑选种菇，采收后装入无菌纸袋内（忌用塑料袋）。
（2）组织分离
在无菌条件下，先用酒精棉球对菇体进行表面消毒，然后手持菌柄，将香菇撕成两半，取手术刀经火焰灭菌、冷却后，在菌盖、菌柄交界处（如香菇、蘑菇等）或菌柄的上部（如金针菇、蛹虫草等）挑取一小块（米粒般大小）菌肉，移植到PDA斜面上（事先配制并灭菌备用），即可转入培养观察阶段。
（3）培养观察
上述组织分离物在25℃条件下，经过3～5天即可看到分离物表面长出白色绒毛状菌丝，呈星芒状在培养基上生长。培养期间，应每隔1～2天检查1次，随时淘汰霉菌或细菌污染的培养物。培养10～15天后，再作1次转管培养，即可得到香菇母种。然后经栽培试验，确认其可以正常出菇后方可用于菌种生产和栽培。
