这是医学的一大进步,有利于对病人病症的深入了解。基因检测是通过血液、其他体液、或细胞对DNA进行检测的技术,现代科学研究表明越来越多的病因都与基因有关系,就像人体血液有不同的血型,人的基因也分很多类基因,不同基因与环境的敏感程度也不同,敏感性的基因易引发疾病。新版基因检测报告将促进对疾病的判断。
如何评价wegene发布的检测套件
优点:
1、999的价格,几十万位点,纯粹从数据量和价格来考虑。考虑到物流,合规等方面的因素,应该说数据量价格比(非性价比)在东半球和西半球的同类检测中应该是最好的了。
2、检测的位点中加入了很多中国人内部的差异SNP。理论上,这使得我们有可能给中国用户提供更好的解读,不过这个事情的优势暂时只反映在了祖源分析上,下面细说。
3、报告的直观性,透明性等方面,自我感觉在国内算是还不错的,对移动端和微信朋友圈分享都做了适配和安全方面的设计。跟23andme相比,体验方面互有优劣,内容方面因为法规的差异,WeGene要丰富很多。
5、提供原始数据。
缺点:
1、交付流程不稳定,很多用户的结果没能在合理时间内交付,甚至有部分用户的结果没有在承诺的时间内交付,这会让人崩溃的——详见WeGene社区的各种吐槽。
2、单倍群结果的可视化和描述还有很大的改进空间,只是展示一个最终的分析结果是远远不够的。
如何看待现在基因检测结果
如何评价WeGene上线的新版基因检测报告
1、哪些人需要做基因检测?
基因检测对受检者的年龄和身体状况没有任何要求。对疾病项目的选择,可遵循以下几点原则:
a、有疾病家族史的人重点选择家族史疾病,了解相关疾病的患病风险,及早做针对性预防。 但不仅限于家族史疾病,我们罹患疾病,往往就是因为我们对疾病的忽视。
b、生活习惯不规律,或有吸烟、酗酒等不良生活习惯的人需要重点关注肿瘤、心脑血管类疾病;
c、对新生儿进行基因检测,将帮助父母从小培养有针对性的生活习惯,避免或延缓疾病的发生,一次检测终生受益;
d、已发生疾病的人接受基因检测,可以辅助疾病治疗,及明确并发症的预防;
e、父母、兄弟姐妹和孩子和我们的基因型相近,但并不相同。因此,个人的基因检测结果仅限对个人健康管理做指导。
2、基因检测的安全性?
基因检测所需的检测样本为血液。受检者在正规医疗机构由护士采用一次性采血器材抽取6-8毫升静脉血即可完成采样。整个过程不会对我们的身体造成任何损伤。
在个人隐私方面,正规机构将设置完整的保密体系来保障受检者的信息安全。如生物芯片北京国家工程研究中心提供的爱身谱个体遗传检测服务,从登记受检开始就为受检者做身份加密,包括:客户识别码、采血器材的编码、报告加密、网上阅读密码函、阅读修改权限设定、电子数据信息几率、电子签名及数据库维护加密等多重保障。
3、基因检测的流程
①客户登记:受检者填写《知情同意书》和《信息登记表》,交由基因检测机构建立健康档案。
②采集样本:通常为血液样本,无特殊要求,不需要空腹。样本采集由专业医疗机构完成。
③基因检测机构在收到样品后,将会完成样本检测、结果分析、报告编制的工作。并将检测报告交付受检者。
④报告解读:在客户收到报告后,检测机构将提供报告解读,并根据基因检测结果在合理饮食、适当的运动方式、良好的心理状态、社会环境、定向定期体检、安全用药和针对性就医等诸多方面提供个性化健康生活指导建议。
4、基因检测之后我们该怎么办?
①心理解压:基因检测能提示受检者罹患某种疾病的风险,但并不能决定他未来的健康状态。高风险,表示受检者比普通人的患病几率高,但什么时候发病,以及病情的发展还依赖于环境和生活习惯等。因此,一旦检测出较高的疾病风险不要惊慌。专业机构将给出针对性的建议,有效指导避免或延缓疾病的发生。
②加强健康管理意识:基因检测显示低度疾病风险表示受检者患病风险较小,但并不完全排除患病的可能。因此仍需加强健康管理意识,避免疾病发生。
③遵循专业性的健康指导。肿瘤、心脑血管疾病等重大疾病的发生是疾病易感基因与长期生活习惯、外界因素共同作用的结果,对于专业机构给出的指导需要坚持遵循,而非浅尝辄止。
如何评价23魔方基因检测?
羊毛出在猪身上,让牛来买单,太绝了。
去年8月,23魔方率先将消费级基因检测价格从999元砍到499元,引起业内震动。迫使WeGene跟进降价。 时隔不到一年,今年6月26日,23魔方再次宣布降价,价格腰斩至299元。
据了解,这款299元的检测产品采用赛默飞世尔的定制芯片,包含80万个SNP位点,检测内容包括自身的祖源、遗传风险、遗传特质、遗传变异携带、营养需求、药物反应、运动健身等板块共计170多项。
虽然与临床级产品相比,消费级产品的检测项目内容大多“无关痛痒”,看似可以随意捏造报告数据,其实不然。
一方面是因为检测造假很容易被识破:同一个消费者只要化名寄送两份自己的样本,看看结果是否一致;或者将自己和父母的家系样本分别化名寄送,看看位点是否符合孟德尔遗传,就能找出破绽。检测造假的风险太高,只要竞争对手寄送几个样本试探试探,分分钟身败名裂。
另一方面,消费级的基因检测的技术门槛并不高,若产品流程各环节成本管控做得极好的话,做到这样的低价也不是完全不可能。该公司宣称预期在18年底达到50万人次的样本量,我猜测在这样数量级的采购规模下,SNP+array和试剂耗材的采购成本都会大幅降低。
更何况,23魔方也能像WeGene一样提供全部位点数据下载,因此我认为这款产品的检测不太可能作假,应当是真实可靠的。
在检测不作假的情况下,299元也就能勉强cover检测成本。不少业内人士纷纷质疑,23魔方到底为什么不想赚钱,自愿将盈利空间压缩到极限呢?
傅盛说过,以前的商业模式是羊毛出在羊身上,而现在则有可能是羊毛出在猪身上。正如小米的最大本事:它在看得见的部分可以不挣钱,但却可以用别的方式挣。
“羊毛出在猪身上”是互联网行业(个人认为23魔方和WeGene在本质上更像是互联网企业)惯用的一种策略,一般分两个步骤:
1、利用一个侵略性的价格(极端的就是免费、补贴),找到一个具有普遍性需求的细分市场,大量获取基础用户。
2、基础用户数量突破临界点后,效应显现,此时通过对高价值用户收费或寻找第三方买单的方式获取收入。
羊毛出在猪身上,其实是“甲方卖东西乙方买东西而丙方抢着来买单”的一个有趣概括。最典型的案例就是360。在过去,主流杀毒软件的商业模式就是靠收取年费,360杀毒让用户永久免费使用。360的策略是先把其他杀毒软件的用户都抢过来,然后给他们装360安全浏览器,再向广告商收费。
同样道理,23魔方很可能并不打算靠to C的检测业务赚辛苦钱,而是先想办法靠低价抢占市场憋大招,再靠to B的数据库业务来赚钱。
我们可以把这次降价看作是一次大规模的获取基因数据的行为,目的是积累百万级的中国人群的基因数据库。这样的数据库拥有巨大的商业和科研价值,将会成为23魔方最值钱的资产。只要稍微给用户一点小恩小惠,让他们在APP上填表,收集表型信息,就能做百万人群的队列研究。
23魔方在未来可能的商业模式是收取费用,将数据授权给科研机构或者药厂使用。譬如做GWAS挖掘基因和肿瘤等疾病的相关性,筛选出新发现的易感位点,用于新药研发。
作为普通用户,我更关注基因检测服务背后的用户隐私和数据安全。这里的数据安全有两个维度:一个是外部生物黑客的攻击,存在数据泄密的风险;一个是内部的数据滥用,如何避免基因检测服务商在未经我授权的情况下将我的数据应用于商业或科研中。
首先最好匿名注册这类检测服务;其次,在不授权检测方使用数据的情况下,我建议填表时,能不写实话就不写实话,表型什么的最好全部瞎填。如果检测商信守承诺,不使用我们的数据,自然没影响;若是暗地里偷偷用未授权的数据,那被误导也是咎由自取。
23魔方的299元的价格,对消费级基因检测的行业的冲击相当大。首当其冲的并不是WeGene,而是做各类单项基因检测服务的公司。
以小红书上常见的美肤基因检测和瘦身基因检测为例,这类产品检测范围只有几个到几十个位点,价格还可能卖的比299更贵。而23魔方做80万个位点。就好比,一家店里单点一个汉堡要17块;而另一家店里点一个全家桶才要15块,里面汉堡鸡翅薯条蛋挞啥都有,你怎么选?
目前国内消费级基因检测在很大程度上可以看作是SNP+array(或者其他检测技术平台)的代工测序。直接测出SNP的信息之后,就能出具绝大部分的解读报告,并不需要什么生信算法。
除了祖源分析需要独家的算法之外,别的几乎没有啥技术含量。不少企业的基因检测等于挣的是代工测序的差价。随着23魔方不断拉低终端价格,一旦价格战打起,代工测序的利润会越来越薄。
因此,样本上不了量拼不过价格的公司,倒不如趁早放弃代工测序的路子,沉淀下来打磨算法,在个性化解读方面下功夫。不挣测序的钱,挣算法和解读的钱,未来真正的壁垒在解读,这才是正确思路。
最后,给做单项基因检测服务的公司支个招。如果是我的话,我就放大格局把23魔方这种公司当做自己的测序工厂,索性支持用户上传自己在23andme,WeGene,23魔方等公司测过的基因数据。
譬如用户上传数据后,只需付费20元,就可以生成一份专业级美肤基因检测的报告。一方面,实现轻资产和纯利润;另一方面,不测序同样可以累积别家的数据库。
如何看待根据基因分析祖源的功能?
这个功能其实对中国人来讲用处不算特别大,但对于欧美人来讲是他们购买基因检测的一个重要宣传点。因为历史原因,绝大多数美国白人的祖先来自欧洲,欧洲又由众多国家组成,许多美国基因检测消费者使用的目的是为了认祖归宗,找到自己的家族起源。检测公司拥有数据库,包含许多不同国家的基因组特征信息,通过比对可以帮助被检测者基因组携带有哪些国家的信息,从而给出家族起源信息。但对于中国来讲,人群构成虽然同样复杂,但数据层面并没有进行精确划分,无论是地理上还是族群,而是都在一个“中国人”的概念下,也就使得这个数据尚且意义不大。当然随着数据收集量不断增大,我们也可以找到地区或是民族特异的位点信息,作出更加细致地分组,让被检测者获得自己家族的起源信息。
如何解读肿瘤基因检测报告
我们以某基因检测公司的报告为例,通过报告解读来讲解基因检测报告中到底在说什么。
1、报告结构
报告从结构上可以分为很多个部分,首先是报告的基本信息,然后是用药提示这一部分,通过用药提示我们可以对整个报告所有的结果有一个认识,所有的重要结果都可以从用药提示里看到,然后用药提示分为两部分,一个是靶向用药提示,第二个是化疗用药提示。然后再下面的一部分是一个变异检测结果,意思就是说是在患者血液的ctDNA检测到的所有结果都在这里面,如果有基因拷贝数变异的话,它也在拷贝数变异检测结果里头。
再接下去的一页,是目前NCCN指南推荐的检查,我们把这些靶向药物和对应的基因检测结果整理出来,方便临床大夫看到结果。但实际上,我们检测的,要比这些列举的多很多。再后面的话就是靶向药物解析结果,其中这个又分成了很多个部分,首先第一个大表格提示敏感的靶向药物,接下来是提示耐药和无效的靶向药物。如果发现耐药的基因位点,会在这个表格里面写明。最后一部分,是研究结论不一致的靶向药物,这个是有的文献支持某个基因突变对靶向药物敏感,有的文献则不支持,对于这部分结果我们放到哪里。再后面是化疗药物解析,这一般会有2-3页。
最后面是报告的参考文献,即判断靶向药物的敏感和耐药所引用的参考文献,以及一些临床实验的列表。最后把我们检测的基因,以及我们检测所涉及的一些局限性也放到这里了。
图1
2、变异检测结果
如下图,我们可以看到这份报告的检测结果,总共有十二行。每一行代表一个基因的一种突变,最前面是基因的名字。第二列是基因的碱基改变,DNA的变化,第三列是氨基酸的改变,最后一列是突变频率,由于正常细胞也会裂解释放DNA,ctDNA里不只是肿瘤细胞的DNA,突变频率指的是检测到的肿瘤的突变占所有的DNA中这个基因位点的频率,突变频率越高,表明肿瘤细胞占的百分比就越大。
图2
在这个病人的样本,我们可以看到,第一行的EGFR基因的19外显子缺失突变,占到了51.9%,这个突变是个对靶向药物敏感的突变,在这里它还是存在的。理论上患者对特罗凯耐药了,为何它还存在,这个在第三行大家可以看到T790M存在,而且突变频率也很高,有32.5%,对于第一代和第二代耐药最常见的原因就是T790M,大约有50%是这个突变导致的耐药,好消息是刚批准的9291是可以控制T790M突变导致的耐药。但是这个患者也用了9291,但是耐药并且进展。大家往下看报告,可以看到EGFR基因的C797S,这个突变会导致T790M耐药,这个突变频率有18.4%,也是很高的。从这几个突变位点,可以部分解释了患者对目前靶向药物的不敏感的原因,另外我们还通过二代测序检测到了其他耐药原因,即患者在EGFR基因、HER2基因存在拷贝数扩增,从血液里检测出拷贝数扩增,这是很不容易的,一般检测到的是基因的点突变。同时存在EGFR和HER2扩增也是会导致患者对EGFR-TKI耐药。通过这么多不同原因,如T790M和C797S突变,EGFR、HER2扩增,我们可以大致了解患者究竟是什么原因导致了耐药,下一步我们就会希望了解,究竟是有什么样的治疗方案呢。
图3
对于其他的基因突变,如TP53,突变频率也很高有36.7%,或者第四行,RB1基因,突变频率有20.5%,这也是很高的。当然下面还有突变频率较为低的突变,但是这些并没有在第一页展示出来。这是因为虽然这些基因突变了,但是没有针对这些突变的靶向药物存在。所以,希望大家理解的是,虽然能找到基因突变,但是不是所有的基因突变有对应的靶向药物,即找到基因突变,并不是意味着一定会有对应的靶向药物,这是很重要的一点。
重复图2
如RB1基因是一个失活突变,这个基因失活会导致对帕博西林的耐药,但是由于帕博西林这个药并没有在FDA批准到肺癌里面,所以我们没有在报告里放这个,但是我们会在与患者沟通时阐释这个结果。大家看到ROS1、ALK基因也有突变,但是虽然有突变,但是这个突变没有在很重要的位置,不影响蛋白的功能,也不适合用对应的靶向药物进行治疗。一般而言,首先我们要把基因突变给检测出来,然后我们会判断这个基因突变是否影响了蛋白的功能。只有真正影响了基因的功能,失活或者持续活化,这样的情况下,靶向药物一般才能起到一定的抑制作用,也才能判断一个患者是不是适合用相对应的靶向药物。
3、用药提示
接下来我们回到靶向药物提示这里。在这里我们会标明推荐的靶向药物,不推荐的靶向药物,这里的推荐和不推荐的依据是基因的突变类型,如果是矛盾的结果,即有的文献提示敏感,有的文献提示耐药,则放到最后一列,即有争议的结果里面。我们可以看到EGFR的变异分为五行,第一行是最开始就有的19外显子缺失,第二行是T790M突变,第三行和第四行是导致T790M耐药的C797S突变,最后一行是EGFR的拷贝数扩增。从这里可以看到,虽然是同样的EGFR基因,不同的位点的突变对应的药物疗效是不一样的。如第一行的外显子19缺失是提示对吉非替尼等敏感,我们将其放入第四列。同样T790M突变,提示对吉非替尼等耐药,我们将其放入耐药的那一列。同理C797S突变,提示对T790M突变耐药。EGFR扩增也预示对应西妥昔单抗和帕尼单抗药物敏感,但是EGFR基因扩增对应吉非替尼等药物的疗效目前存在争议,有文献说EGFR扩增对于TKI药物仍旧是敏感的,但有的文献说二者没有关系,所以我们将其放入最后一列——研究结果存在争议。
图4
对于Her2拷贝数增加,有曲妥珠单抗,拉帕替尼等是有效的。但是根据文献来说,这些药物有的说有效,有的则报道无效,对于这些结果我们都放入研究结论不一致里面。
所以,我们一般会综合患者的基因检测结果,最后进行判断哪些药物是推荐的,哪些是不推荐的。所以大家可以从这里看出来,我们最终推荐的是西妥昔单抗和帕尼单抗。而对于正在用的9291并没有推荐,因为出现了耐药的突变,这与临床上的结果,即患者正在使用9291但是病情进展的结果是相一致的。
但是虽然我们推荐了西妥昔单抗和帕尼单抗,但是患者还存在Her2扩增,所以对于患者使用我们推荐的药物后,效果究竟怎样,也是不好说的。这种情况下,一般是根据患者之前的治疗经过,副反应等进行综合考虑,并跟患者沟通其治疗过程,再进行权衡判断。也是说到为何我们给患者推荐了西妥昔单抗,还是不敢肯定结果如何。就是因为患者的其他基因突变,即携带T790M和C797S突变的癌细胞对于西妥昔单抗是不敏感的。这也是靶向药物很大的一个缺陷,即只能杀灭一定靶点的癌细胞,对于其他的靶点它是无能为力的。
回到这个患者的情况,我们查文献发现,有患者同样是存在EGFR扩增和Her2扩增,这部分患者使用了西妥昔单抗加拉帕替尼后,有一定的效果。在这个研究中,有18个患者,3个部分缓解,9个患者疾病稳定,83%的临床获益。只是不同的是,那些患者没有EGFR的外显子19缺失,没有T790M突变,所以究竟患者使用了这些药物后效果如何,我们还没有这方面的报道。
如果患者的身体状态较好的情况下,还可以推荐使用化疗。说到化疗,我们在第二部分有个化疗药物的提示,对于化疗药物提示,我们推荐力度不像是靶向药物那么大。这里头有很主要的原因是,第一是化疗药物解析方面,能找到的疗效证据是来自于人群的研究。也就是说化疗药物的敏感性,是基于两个人群,如A人群的基因型是A,B人群的基因型是B,如果A人群的化疗药物效果好,就归纳为A型基因对化疗药物效果好,但这是人群的平均结果,如果是归纳到单个人上,这个支持力度就有限了。另外一个原因,靶向药物是反映肿瘤细胞的基因突变,而化疗药物是查的白细胞的基因多态性,对化疗药物敏感性的结果都是来自白细胞的突变。我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物作用于肿瘤细胞的疗效,这个指导意义是很受限的,但如果我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物的毒副作用,这个结果会好一些。即对于化疗药物的疗效,其实要根据临床实际来决定来的,即只有在有两种化疗药物供选择的情况下,再参考化疗药物毒副作用、敏感性结果。
图5
这个患者之前用过的化疗方案,如果效果很好情况下,可以尝试化疗。如何患者身体条件很好的情况下,可以做下化疗。这些化疗药物敏感性的检测结果要根据临床的肝肾功能、身体状况来决定的。最后小结,患者查到很多基因突变,但是很多基因突变没有靶向药物。在EGFR基因存在很多突变,突变类型很复杂,除了有外显子19之外,还有T790M,以及C797S。同时还有EGFR和Her2的扩增,这也可能是其对EGFR-TKI耐药的原因。经过这个综合检测、综合的分析后,我们认为患者适合的靶向药物是西妥昔单抗和拉帕替尼这样的治疗。如身体状态较好,可以进行化疗,即一种靶向药物并不能清除所有的癌细胞。这里把这个中间的逻辑尽可能讲清楚了,具体到某个突变使用某个药物,具体解析可见靶向药物解析那个表格里面,对于每个突变进行文献查找,最后进行综合分析。
图6
这个患者是2011年6月发现肺腺癌,发现时没有了手术机会,使用了标准的化疗方案,后来骨转移,做了放疗。后来发现EGFR的L858R突变,使用特罗凯效果很好。后面特罗凯耐药后使用2992,2个月后换用了特罗凯加卡博替尼,还是出现了进展,想通过基因检测看看为何是耐药了,寻找下一步的治疗方案。
图7
在变异检出的那一页,可以看到EGFR的突变是L858R,突变频率是2.4%,另外一个是TP53的错义突变,频率是1.8%。从患者的基因突变结果来看,只是找到了EGFR的突变,频率也不是很低。但是没有T790M、MET扩增、EGFR扩增等耐药的突变都没有检测到。由于患者之前的EGFR的敏感突变还存在,所以我们还是推荐患者使用EGFR-TKI这么一种药物。从这里也可以看出来,真正用药时还是要结合临床实际来的。
图8
但是患者已经是特罗凯耐药了,加184效果也不好,究竟是什么原因导致的耐药呢,我们查了很多文献,其实也没有查到真正耐药的原因。这种情况的概率是30-40%,即从基因突变的角度找不到耐药的原因。这里有个可能的原因是, 我们检测了52个基因,其他的没有包含在内的基因发生了突变,导致了耐药。由于这些突变目前没有对应的靶向药物,所以我们没有着重去检测他们。也有一种可能,即我们对EGFR耐药突变了解还不充分。即我们全球在EGFR基因耐药的认识还有一些偏差,所以有30-40%的病人是找不到耐药原因的。
图9
虽然找不到原因,从结果上看,由于敏感突变存在,所以患者还需要特罗凯去控制,即携带这些敏感突变的癌细胞可能具有很强的生长优势,如果不使用药物把他们给控制住,可能就会导致这部分癌细胞失控。另外一个,是患者使用阿法替尼,即希望去控制Her2扩增,效果不是很理想,可能患者体内没有Her2扩增,可能效果未必会比特罗凯好。现在加用卡博替尼,即针对MET扩增靶点并没有在基因检测中被检测到,可能这也并不是最合适的选择。但卡博替尼还有个VEGFR靶点,有一定抑制血管生成的作用,所以联用这两个靶向药物是有一定道理的。
对于这个报告,我们最想了解的是特罗凯加卡博替尼的治疗效果是不是很好,如果不是很理想,则可以使用抗血管生成抑制剂这样的药物。对于血管生成抑制剂药物,如果我们基因检测发现VEGFR扩增我们会给出提示,但没有DNA水平扩增,但是患者也可能是VEGFR高表达,如果这样使用抗血管生成药物会效果较好。我们比较了几种肺癌常用的血管生成抑制剂,一个是贝伐单抗,一个是凡德他尼,凡德他尼既有EGFR靶点还有VEGFR靶点,临床数据提示凡德他尼和化疗联用的数据也很不错,所以如果患者特罗凯和卡博替尼联用效果不好,倒是可以使用贝伐单抗。如果患者身体条件可以,也可以使用一段时间的化疗,看是否可以把敏感的和不敏感的癌细胞给清除掉。
对于这个案例总结是虽然患者对EGFR-TKI耐药,但是耐药机制不是T790M或MET扩增导致的,所以治疗上不能按照常规的一代耐药换二代,二代耐药换三代。应该考虑特罗凯加卡博替尼治疗效果,如果不是很理想,可以考虑使用贝伐单抗或凡德他尼这样的药物来治疗。如果身体准许条件下,可以进行化疗,即有研究表明化疗一段时间后,之前耐药的靶向药物可能会变得重新敏感。从这个案例可以看出,对于EGFR-TKI的耐药机制也不是100%的了解,对于一些案例可能很好地解释了什么药物合适,什么药物不合适。但是对于另外一些案例,可能查了半天,并不能给出很清晰的结论,用那种药物合适。要解决这个问题,我们能够做的也就是紧跟国内外的研究进展,如果有进展则纳入我们的知识体系当中,希望能解决越来越多的问题。这也是一个基因测序公司需要不断地查阅文献,累积相应的数据库。
编者:id4hehe
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