因为当时袁世凯首鼠两端，勾结革命党，而曾国藩忠心耿耿，曾国藩借丁忧之名弃职回家，是为了发泄对官场结党欺压的不满，不是跟皇帝过不去，曾国藩晚年跟慈禧辞职是因为湘军暮气已沉，很难有很大作为，但是曾经曾国藩忠心耿耿，为了不失去民心，所以慈禧不杀曾国潘。
慈禧，即孝钦显皇后叶赫那拉氏，咸丰帝的妃嫔，同治帝的生母，晚清重要政治人物，清朝晚期的实际统治者，1852年入宫，赐号兰贵人，1853年，晋封懿嫔，1856年，生皇长子同治帝，晋封懿妃，1857年，晋封懿贵妃，1861年，咸丰帝驾崩后，与孝贞显皇后两宫并尊，称圣母皇太后，上徽号慈禧。
慈禧独掌大权，连恭亲王都惨遭打压，为何动不了曾国藩？
慈禧太后经常收拾恭亲王。在1865年，翰林院编修蔡寿祺一纸奏折直指恭亲王奕欣“贪墨”“骄盈”“揽权”“徇私”，慈禧太后便以恭亲王目无君上为由，免去包括议政王在内的所有职务。在慈禧太后的屡次收拾后，恭亲王从一个精明能干的贤王，变成一个碌碌无为的庸王，令人感叹万千。
令人不解的是，慈禧太后在晚清时期掌握实权，基本到了想收拾谁就收拾谁的地步，连权倾朝野的恭亲王都不能逃脱她的掌心，为何她不敢动曾国藩一根汗毛呢？1864年，曾国藩兄弟攻陷天京后，朝廷命曾国藩将太平天国的金库查明，报部备拨。可是，太平天国留下的金银珠宝，早就被曾国藩兄弟的部队洗劫一空，不留分毫。为了给朝廷一个交代，曾国藩打了一封报告，称：“克复老巢，而全无财货，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事。”慈禧太后虽然很生气，但并没将曾国藩怎么着。
1870年，走马上任才两年的两江总督马新贻，意外被刺客张汶祥所杀，因伤重不治身亡。当时，朝野议论纷纷，许多说法都将幕后指使者指向曾国藩和湘军。慈禧太后故意对曾国藩说：“马新贻此事岂不甚奇？”曾国藩诚惶诚恐地回答：“这事很奇。”慈禧太后默然不语，派曾国藩前去审理此案。显然，慈禧太后有意将此案大事化小、小事化了。慈禧太后不敢动曾国藩一根汗毛，原因当然是因为他有一支湘军。
曾国藩创建湘军以来，与太平军作战了10多年，成为大清王朝最有力的保卫者。清朝曾经寄以厚望的八旗军队、绿营和蒙古马队，都在太平军面前败下阵来。慈禧太后只能依靠曾国藩的湘军来维系统治。如果慈禧太后要收拾曾国藩，唯一的结果就是清朝提前覆灭。两害相权取其轻，慈禧太后自然不愿意轻易招惹曾国藩。所以，慈禧太后宁愿对曾国藩忍让三分，也不会去找他的麻烦。
慈禧太后经常收拾恭亲王，为何不敢动曾国藩呢？
慈禧太后经常收拾恭亲王。
第一次是在1865年，翰林院编修蔡寿祺一纸奏折直指恭亲王奕欣"贪墨""骄盈""揽权""徇私"，说："臣愚以为议政王若于此时引为己过，归政朝廷，退居藩邸，请别择懿亲议政，多任老成，参赞密勿，方可保全名位，永荷天眷。"慈禧太后便以恭亲王目无君上为由，免去包括议政王在内的所有职务。
第二次是在1874年，同治皇帝启动重修圆明园的计划，遭到恭亲王等10名朝廷重臣的阻扰。同治皇帝勃然大怒，在慈禧太后的支持下，革除恭亲王"世袭罔替"的权力，将亲王爵位降为郡王爵位，相当于去掉了他的"铁帽子王"。
第三次是在1884年，中法战争爆发后，由于清军在前期作战中接连失利，慈禧太后利用这个机会再次收拾恭亲王，以恭亲王"委靡因循"为由，免除他的所有职务，并将他的班子成员，即武英殿大学士宝鋆、吏部尚书李鸿藻、兵部尚书景廉、工部尚书翁同龢全部逐出军机处和总理各国事务衙门。
在慈禧太后的屡次收拾后，恭亲王从一个精明能干的贤王，变成一个碌碌无为的庸王，令人感叹万千。
令人不解的是，慈禧太后在晚清时期掌握实权，基本到了想收拾谁就收拾谁的地步，连权倾朝野的恭亲王都不能逃脱她的掌心，为何她不敢动曾国藩一根汗毛呢？
1864年，曾国藩兄弟攻陷天京后，朝廷命曾国藩将太平天国的金库查明，报部备拨。可是，太平天国留下的金银珠宝，早就被曾国藩兄弟的部队洗劫一空，不留分毫。为了给朝廷一个交代，曾国藩打了一封报告，称："克复老巢，而全无财货，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事。"
慈禧太后虽然很生气，但并没将曾国藩怎么着。
1870年，走马上任才两年的两江总督马新贻，意外被刺客张汶祥所杀，因伤重不治身亡。这就是清末四大奇案之一的"刺马案"。当时，朝野议论纷纷，许多说法都将幕后指使者指向曾国藩和湘军。慈禧太后故意对曾国藩说："马新贻此事岂不甚奇？"曾国藩诚惶诚恐地回答："这事很奇。"
慈禧太后默然不语，派曾国藩前去审理此案。显然，慈禧太后有意将此案大事化小、小事化了。
慈禧太后不敢动曾国藩一根汗毛，第一个原因当然是因为他有一支湘军。
曾国藩创建湘军以来，与太平军作战了10多年，成为大清王朝最有力的保卫者。清朝曾经寄以厚望的八旗军队、绿营和蒙古马队，都在太平军面前败下阵来。慈禧太后只能依靠曾国藩的湘军来维系统治。如果慈禧太后要收拾曾国藩，唯一的结果就是清朝提前覆灭。
两害相权取其轻，慈禧太后自然不愿意轻易招惹曾国藩。
基于此，1864年曾国藩兄弟灭掉太平天国后，慈禧太后立即采取各种手段，逼迫曾国藩裁撤湘军，并将他调出两江地区，改任直隶总督，放在眼鼻子下面。
在那以后，曾国藩的湘军已经裁撤了绝大部分，曾国藩本人也被控制在直隶地区。这时候慈禧太后就能够收拾曾国藩了吗？
并不能。这就是第二个原因：曾国藩势力遍及各省，已经形成尾大不掉的局面。
当时，全国八大总督和十五大巡抚中，大部分都是曾国藩的人，或者与曾国藩关系紧密。比如，两江总督是曾国藩的学生李鸿章，湖广总督是李鸿章的哥哥李瀚章，云贵总督是湘军老将刘岳昭。
另外，从表面上看，陕甘总督左宗棠与曾国藩不和，可谁知道他们是不是在唱戏给朝廷看呢？
所以，慈禧太后宁愿对曾国藩忍让三分，也不会去找他的麻烦。
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参考资料：
为什么慈禧不杀曾国潘？
袁世凯首鼠两端，勾结革命党，曾国藩忠心耿耿
曾国藩借丁忧之名弃职回家，是为了发泄对官场结党欺压的不满，不是跟皇帝过不去，曾国藩晚年跟慈禧辞职是因为湘军暮气已沉，很难有很大作为，还得靠李鸿章他们剿匪，两次撂挑子都不是跟朝廷作对
慈禧太后权倾朝野，为何却唯独不敢碰曾国藩？
首先曾国藩有一支湘军，所以慈禧不敢轻易的动曾国藩。曾国藩创建的湘军，城市清朝最有力的军队，原本清朝寄予厚望的八旗军队和蒙古军队都对太平军没有办法，但是曾国藩的湘军却能和太平军作战10多年，未曾出现重大败绩，帮助慈禧解决了统治王朝的很大隐患，所以在慈禧清楚的知道想要维持自己的统治，只能仰仗于曾国藩的湘军，用湘军去对抗太平天国的太平军。如果慈禧想要收拾曾国藩的话，那么等待慈禧的将是他统治多年的草堂，被太平天国所占领，再也不能维持对王朝的统治，这是慈禧所不想看到的，所以不会轻易动曾国藩。
因此在曾国藩消灭了太平天国之后，慈禧就开始逼迫曾国藩消除湘军的权力，削弱曾国藩手中握有的军权。
第2个原因就是曾国藩所拥有的势力遍布朝野，牵扯到曾国藩一个人很可能会影响大局。所以慈禧也不敢轻易的动曾国藩。当时在清朝八大总督还有十五大巡抚当中，有很多都是曾国藩手下的人，或者是和曾国藩有着牵扯关系的人。因此如果慈禧收拾曾国藩的话，很有可能会影响朝堂中的大局。
所以一直以来，虽然慈禧知道曾国藩手中握有的权力太多，甚至有不听慈禧调遣的意思，比如曾经曾国藩在攻陷天京之后，将太平天国中拥有的财宝悉数揽于自己的手中，但是却在回朝廷复命的时候告诉慈禧，太平天国没有存在一些珠宝，全部都被毁掉。而慈禧虽然在知道曾国藩欺骗她的时候很生气，也不敢轻易的动曾国藩。
