1、概念不同。纯水机：超细精度的RO膜反渗透的方式，流住水中的一切有机污染物，出水为直饮的纯净水；净水机：通过过滤和吸附的方式去除氯气和各种有害的污染。
2、净水技术不同。纯水机：通过有着超细精度的RO膜反渗透的方式截流住水中的一切有机污染物和无机离子，有一定的废水量，出水为直饮的纯净水；净水机：通过过滤和吸附的物理方式，去除城市自来水中的氯气和因二次污染所产生的细菌病毒、胶体、铁锈、杂质等各种对人体有害的有机污染物。
3、使用装置不同。纯水机：有增压泵、电机、电源、储水罐，为五级过滤。级为滤芯，第二和第三级为活性炭，第四级为RO逆渗透膜，第五级为精致活性炭，用于改善口感。可加第六级放置麦饭石；净水机：没有电机、电源、储水罐，靠水压驱动过滤，采用不锈钢管机身，耐高温、腐蚀。比较好的为五级过滤，级为滤芯，第二和第三级为活性炭，第四级为中空丝膜或陶瓷过滤，第五级为精致活性炭，主要用于改善口感。
4、使用功能不同.纯水机：能过虑掉自来水中所有物质，包括矿物质，出来的水是纯水，相当于我们买的纯净水。从某种程度上来说，纯水机就是纯净水厂的小型化，以自来水作为水源，通过反渗透水处理技术净化出纯水。家用纯水机精致小巧一般安装于厨房，并配有一纯净水专用龙头，除了直接饮用喝，还能解决炒菜等用水问题，装纯水机并不影响饮水机的使用，因为纯水机自制的纯净水可通过饮水机加热或制冷。
5、净水机：能够过滤掉自来水氯、杂质等，保留自来水中的对人体有用的矿物质。不过，净水机对重金属和水碱的过滤作用不是很大，所以不能直接饮用，还是烧开后在饮用。若是家里只有净水机，可以把第三级活性炭换成树脂芯，这样就可以去除水碱了，不过用一段时间后就需要把树脂芯拆下来放在盐水里浸泡让它再生还原。
6、净化后水质不同。纯水机：出来的水相当于外面卖的瓶装的纯净水，如果加上麦饭石，大致相当于矿泉水；净水机：保留了自来水中大部分的矿物质，是可以生饮的净化水。
