雍正十三年雍正帝驾崩，乾隆帝继位，十月，罢军机处，改设“总理事务处”。作用是加强了中央集权。
但不久又因实际需要而于乾隆二年十一月将军机处重新恢复，并在原来的基础上进一步增大了权力。军机处重建之后，乾隆帝扩大了军机大臣人数，任命鄂尔泰、张廷玉、讷亲、海望、纳延泰、班第等六人为军机大臣，军机章京也由原来的十人扩充至十六人，满汉各半。此后，随着其权力的加大和处理事务的增多，人数相应又有所增加。在对人员编制不断充实的同时，军机处处理事务也日益增多，权力愈加扩大，各项制度也不断趋于健全。
乾隆为何要迫不及待的撤销军机处呢？
乾隆即位之初，确实有一次短暂裁撤军机处，不过很快恢复了。究其原因，其实是为了进行一次“机构改革”，让新的军机处进一步帮助自己彻底掌权。
军机处，虽然始创于雍正年间，并一直延续到清末改制，但其创立之初，与后来的情况并不一样。最初，军机处其实只是个战时的临时机构。雍正七年，为了应对西北战局，雍正以内阁在太和门外，容易泄露消息为由，在隆宗门内设置军机房，这也就是军机处的原名。
雍正十年改名“办理军机处”。这算是一个“战时机构”，临时设置。入值军机处的人员多为亲贵大臣，但也是从各个不同部门里来的，都属于兼职，他们的本职岗位还是议政王、内阁大学士、六部尚书等等。所以，虽然军机处的产生让雍正进一步集权，可以越过议政王大臣会议、内阁等独行其事，但缺陷也是存在的，就是说这个部门缺乏法理依据，似乎并不稳固，容易撼动。雍正在世时，以其威望、手段让群臣慑服，那军机处就是一把强有力的武器，但是如果皇帝镇不住呢？后果恐怕不堪设想。
故而，乾隆即位之初裁撤军机处，不是不要了，而是要改革。况且，在即位之初，乾隆自己还要面对一个“突围”的过程。因为雍正驾崩时，乾隆虽然已经25岁，但雍正还是给他留了四个辅政大臣，也就是乾隆的十六叔庄亲王允禄、十七叔果亲王允礼、大学士鄂尔泰、张廷玉。所以，按照雍正遗诏，乾隆必须在朝政上倚重这四位“托孤大臣”。
乾隆是个“权术大师”，面对这样的处境，他先是在刚刚即位时就以时事变迁为由裁撤了军机处。既然本来就是个临时机构，裁掉也是无可厚非。取而代之的，乾隆设立了“总理事务处”。由允禄、允礼、鄂尔泰、张廷玉四人任总理事务王大臣，其他原军机处大臣讷亲、徐本、班第、索柱、丰盛额、海望、莽鹄立、纳延泰改在总理处“协办总理事务”或“差委办事”。
这招很厉害，首先，按照雍正遗诏，乾隆一定要倚重四个辅政大臣，而允禄、允礼本来不在军机大臣之列，现在将他们列为总理王大臣，就完全符合遗诏要求。而与此同时，军机处被裁撤，就避免了政出两头。同时，除四大臣外其他人都被免去了军机大臣，也就是一个重新洗牌的机会。可谓一举三得。
等到乾隆二年十一月，乾隆除服。也就是说，服丧期满，应该亲自主理朝政了，所以四大臣按理请辞总理事务处王大臣职务。乾隆顺势取缔总理事务处。但是，没有了这个中间机构，就变成皇帝依然要通过内阁去控制群臣，效率低下，而且其中势力盘根错节。于是，乾隆复设军机处，成员基本为雍正十三年裁撤前的人员。这也算是一种恩威并施。
虽然人员一样，但是性质可就完全不一样了。首先，有两个人被削权了，没错，就是两个叔叔允禄、允礼。因为他们本来就不在军机大臣之列，这次复设也就顺理成章不算他们两人，虽然他们还保留议政大臣之名，但已经无法直接插手政务。
这也是乾隆紧锣密鼓打压宗室贵胄的重要一步（此前，乾隆元年乾隆就以朝拜礼仪问题罢允礼双俸），此次还政虽然在礼节上对允禄、允礼更为尊崇，但实际已经暗流涌动（乾隆三年，允礼去世，四年，爆发弘晳逆案，乾隆以康熙废太子胤礽之子弘晳谋逆为由，将与之交好的宗室成员都被严惩，允禄也被剥夺了双俸和议政大臣头衔，直到乾隆十八年复授议政大臣，已是风烛残年）。
其次，新军机处权力扩大，不再是雍正年间的战时临时机构，而成了常设机构，为之后乾隆通过军机处控制朝政打下基础。从此所有军国要务都由军机处处理。
最后，也是对鄂尔泰、张廷玉的限制。总理事务处存在时，二人被允禄、允礼压着。复设军机处以后，虽然没了两座大山，但乾隆已经通过这段时间对朝政有了充分的熟悉，人员也进行了洗牌。已经无法对乾隆造成威胁了。
清朝的军机处原先是用来干什么的?
军机处最初的雏形是军需房也称军机房，是清朝雍正年间的产物，当时清兵与准葛尔部交战，往返的奏折和军事情报为了更加保密，也是为了处理军务方便，而设立了军机房。军机房的主管领导是皇帝在内阁中挑选可靠的人来担任，雍正年间任命了怡亲王允祥 大学士蒋廷锡 张庭玉来主抓军机事务。可见军机房的重要。不久又设立了军机章京，后来军机房经过大学士们建议，改称办理军机处，简称军机处。各个机构更加的完善。军机处在后来的发展过程中，经历了几次变动。弘历即位时曾经废除了军机处，改设总理事务处，原来的办理军机处的管理大臣，有的改为协办总理事务，经过一阵的运作，不知道什么原因，两年后又从新的恢复了军机处，总理事务处继而废除。到了嘉庆年间，军机处得到了彻底的巩固，职权范围也逐渐的加大，成为了当时国家重要枢纽机关。到了光绪时设立了督办政务处将军机处的职权进行了分割。到了宣统改称为责任内阁，这是的军机处基本上就不存在了。清朝的军机处自设立到废止经历了一百八十多年。军机处的演变无不是为了维护皇帝的统治，来彻底的巩固自己的地位，军机处可以说是皇帝的私人机构，总体是管理军国大事，具体职权大而且广泛。军机处听命与皇帝，办理皇帝亲自授予的各项大事要政。其中包括很多，审理大狱案件 奏补文武百官 考察行军作战路线计划 及后勤补给 考证历史等等，军机处所处理的事务要求迅速保密，传送密件严密快速直接。后来随着军机处权利的扩大，天下事务基本都能够参与管理，为了避免权利集中，而威慑皇权，对军机处采取了一定的权利限制措施。最初地方官员的文件奏折等都必须经过军机处，然后由军机处呈报皇帝，后来嘉庆时期就限制了军机处这个程序，可以直接呈报不必通过军机处。军机处理中枢事务，呈写秘旨都是严加保密的。皇帝与军机大臣商议事务的时候，不允许太监在场。大臣们不得随意进入军机处，即使是王公贵族也必须由皇帝亲自批准。军机值班房那就更加的严格了。皇帝对军机大臣们对外交往还有严格的限制，以免泄露机密，所以说军机处的保密措施是严密的，对于军机处打扫卫生等杂役都是经过精心挑选的，一般都是从内务府的童子中间选拔。达到一定的年限全部换新人。以免对于军机处过于熟悉。军机大臣办事不准随便使用一般的书吏，可见军机处管理是多么的严格。军机处表面上有很高的职权，但是必须是服从皇帝一人管制，军机大臣丝毫没有决策行动等能力。军机处就是维护皇权的重要中枢。
军机处的官职有军机大臣，是主要管理者，一般由三人组成军机大臣最多设置不超过六人，一般都是由皇帝亲自从满汉大学士， 尚书 侍郎等重要官职中选拔任命，或者在军机章京中直接任命。军机大臣在军机处称为大军机，则小军机就是军机章京，军机章京没有名额限制，一般都是军机大臣在内阁中书及六部官员中挑选任命。军机章京在清朝社会地位上有名气和特殊的地位和权势。军机章京官虽说不大，但是接触的都是国家机密奏折文件等等。在当时官场上很多官员为了探听消息，都要贿赂拉拢军机章京，或者把他们作为内线，来达到个人目的。
军机处是清朝的中枢机关，是秉承皇帝的旨意办事的重要机构，所以说军机处是一个特殊的组织机构，掌管着国家军国大权，听命于皇帝也是维护皇权的重要中枢 .
