土族基本上全民信仰藏传佛教(格鲁派)。早期的土族，主要信仰原始的萨满教。元末明初，藏传佛教传入土族地区并得到迅速发展，特别是藏传佛教格鲁派的发展尤为迅速，土族地区出现了许多格鲁派寺院，主要有：互助的佑宁寺、华严寺、金刚寺、曼头寺、章嘉寺、天门寺、松番寺、曲隆寺、吉藏寺、却藏寺，大通的广惠寺、平安寺、松布尕寺、祁家寺、诺木齐寺，民和的朱家寺、文家寺、卡的喀寺、赵木川寺、白家寺、赵家寺，乐都的金角寺、扎的寺、山城沟寺，同仁的吴屯寺、年都乎寺和甘肃天祝的天堂寺等，其中以佑宁寺最大，号称“湟北诸寺之母”(青海湟水北部地区)。
历史上，互助、大通、乐都一带的寺院大都为佑宁寺的分支属寺。佑宁寺建成前两年，今互助一带的“扎的”、“浪加”、“阴加”、“火日”、“华仁”、“觉查”等十三个尕尔哇选出十三个代表，去西藏请求四世达赖喇嘛在这个地区修建寺院，四世达赖云丹嘉措答应修寺，并于万历三十二年派佛子端约曲吉嘉措到互助建寺。
因寺在郭隆、故称郭隆寺，当时，只有参尼扎仓，嗣后，一世章嘉、一世土观、嘉木样加巴多尔吉又建居巴扎仓，遂成显密双备之寺。
据说在明末清初，此寺院的喇嘛曾一度增加到六千人，成为青海著名寺院之一。清雍正元年，因寺中喇嘛支持蒙古贵族罗卜藏丹津反清，次年镇压罗卜藏丹津事件中被清军焚毁，活佛及喇嘛多人被杀，致使僧伽恐惧，尽易俗服，逃散各地。至雍正十年，清廷颁令重建并赐名为“佑宁寺”。
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