从历史上看，达赖与班禅互为师徒，即在世的达赖/班禅是新任班禅/达赖的师傅。就班禅方面而言：一世班禅为一世达赖之师;四世班禅为四世、五世达赖之师;五世班禅为六世、七世达赖之师;六世班禅为八世达赖之师;七世班禅为九世、十世、十一世达赖之师;八世班禅为十三世达赖之师。就达赖方面而言：五世达赖为五世班禅之师;七世达赖为六世班禅之师;八世达赖为七世班禅之师;十三世达赖为九世班禅之师。
达赖转世制度始自三世达赖，班禅转世制度始自四世班禅。一世达赖根敦珠巴和一世班禅克珠杰同为藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴的亲传弟子。作为师兄，克珠杰在宗喀巴去世后还曾指导过小师弟根敦珠巴的学业。他们师徒三人对黄教在藏区的兴起和发展居功至伟，被藏民虔诚地称为“师徒三尊”。在广袤的雪域高原，“天上的太阳、月亮，地上的达赖、班禅”这一民谚深入人心。
或问：达赖和班禅究竟哪个大?究竟谁管谁?答曰：其宗教、政治地位是平等的，没有高低上下之分。但传统的说法认为，达赖是观世音菩萨在人间的化身，班禅是阿弥陀佛(或其变身无量光佛)在人间的化身。阿弥陀佛是观世音的师尊，因此班禅的宗教地位显然更高一些。
十一世班禅
但据说阿弥陀佛行事超脱懒散，专心修行，把尘世间的一切都交给了弟子观世音来打理，因此徒弟的知名度反而比师父还高。反观达赖和班禅的为人处事也确实如此：班禅很少干预西藏的政治事务，即使历代班禅中最有政治作为的罗桑曲结，也曾放弃代替当时被禁止转世的达赖担任黄教教主这样一个唾手可得的机会。康雍乾时期，蒙古准噶尔部占领了西藏，朝廷屡次出兵进剿。
平定准部后，鉴于达赖权势过炽，尾大不掉，清政府遂有意将西藏一分为二，交由达赖、班禅分头治理，以便互相牵制，但却被五世班禅婉言谢绝。在清廷固请之下，他最后只答应接受后藏的拉孜、昂仁、彭措林三宗做为领地。明清以来，达赖一直统领全局，是事实上的西藏之主;而班禅则远离尘世，影响力主要在后藏地区，声望明显不如前者。达赖的驻锡之地在拉萨布达拉宫，而班禅则偏安一隅，下榻日喀则的扎什伦布寺。达赖领有十分之九的人口，班禅仅仅控制着十分之一。
另外，有清一代黄教四大活佛并立：达赖主前藏、班禅主后藏、章嘉主内蒙、哲布尊丹巴主外蒙。他们各自的的政治地位大致相当，转世灵童都须经朝廷金瓶掣签来最后裁定。
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